Awalnya direncanakan memiliki harga tiket di atas Rp100 ribu yang dikritik presiden, kini harga resminya menjadi Rp70 ribu. Selama akhir tahun ini, harga tiket KA Bandara memiliki harga promo Rp30 ribu per 26 Desember.
Sedangkan per tanggal 2 Januari 2018 mendatang, dikenakan tarif normal Rp70 ribu. Namun untuk sementara waktu pada tahap awal pengoperasian KA BSH, belum dilayani naik turun penumpang di Manggarai karena masih dalam proses pembangunan peron dan jalur Kereta Bandara oleh Satuan Kerja Proyek DDT DJKA Kemenhub.
